Lab of Molecular Genetics of Microorganisms

Scientific Interests and Research Areas

The main emphasis in the work of the laboratory is placed on the study of the molecular patterns of the drug resistance mechanisms and ways to fight it, including utilization of alternative methods, namely phage therapy. Along with aforementioned, issues associated with molecular typing of microbial populations and virulent bacteriophages are being solved. In addition, comprehensive fundamental studies on changes in the metabolism of pathogenic microorganisms caused by various therapeutic agents are underway.

• Systematic study of the Mycobacterium genus strains endemic for Russia, determination of the main «success» factors. Description of the population structure of the pathogen. Investigation of the IS6110 insertion sequence role in micro- and macroevolution. Search for new targets for the treatment of tuberculosis infection.
• Investigation the interaction of virulent bacteriophages with various types of ESKAPE pathogens (bacterial pathogens belonging to Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and the Enterobacteriaceae family) in order to modernize phage therapy.

Research Projects

• State Assignment on the Development of a complex therapy scheme for drug-resistant pathogens of infectious diseases using bacteriophages or their derivatives in combination with antibacterial drugs (Code: Bacteriophage-2)
• RSF grant «Genomic G-quadruplexes of Mycobacterium tuberculosis as potential targets for new anti-tuberculosis drugs» (2020–2022)
• RFBR grant «Deep machine learning methods in Mycobacterium tuberculosis genomics for the building of an open platform for the analysis of the pathogen’s evolutionary signatures» (2020-2022)
• RSF grant «Genomic G-quadruplexes of Mycobacterium tuberculosis as potential targets for new anti-tuberculosis drugs» (2019-2021)
• FMBA of Russia «Development of a personalized approach to the therapy of infectious processes using virulent bacteriophages» (2019-2021)
• RFBR grant «Role of the repeating element IS6110 in the micro- and macroevolution of Mycobacterium tuberculosis phylogenetic lineage 2» (2018–2019)
• RFBR grant «Proteogenomic Characteristic of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster» (2018–2019)
• RSF grant «System study of Mycobacterium tuberculosis Beijing clonal groups endemic in Russia» (2017-2019)
• RSF grant «The search for new activators of the destruction of biofilms based on proteomic analysis of catheter-related biofilm formed under conditions in vivo and in vitro» (2015–2017)
• RFBR grant «Deciphering the molecular mechanisms of manifestation of pathogenicity of coagulase negative staphylococci» (2015–2017)
• RSF grant «Characteristic of proteins expressed by tuberculosis Beijing B0 cells under the in vitro and in vivo conditions» (2014–2016)
• Grant of the Ministry of Education and Science of the Russian Federation «Development and production of prototype test system for the detection of drug-resistant tuberculosis in view of features of genomic organization strains endemic to Russia» (2012–2013)
• NPO «Microgen» «Molecular genetic study of the vaccine strain Mycobacterium bovis BCG»
• Research & Development Contract No BDALIPCM 270505 «Development and commercial introduction of novel approaches for the characterization of different diseases as well as identification of clinically relevant microorganisms» (2010–2012)

PhD Theses

2016: Maria A. Kornienko PhD in Genetics, PhD thesis “Biochemical and genetic features of realization of the pathogenicity of hospital strains of Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus haemolyticus”

2016: Julia A. Bespyatykh PhD in Biochemistry, PhD thesis “Genomic and proteomic characterization of strains of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster”

2014: Egor A. Shitikov PhD in Biochemistry, PhD thesis “Genomic variability of pathogens of drug-resistant tuberculosis, common in the Russian Federation”

2011: Tatiana A. Savinova PhD in Microbiology and Molecular Biology, PhD thesis “Genetic diversity and the molecular basis of resistance of Streptococcus pneumoniae to beta-lactam antibiotics”

2010: Daria E. Mudrak PhD in Microbiology and Molecular Biology, PhD thesis “Molecular genetic features of resistance to beta-lactam antibiotics of Gram-negative microorganisms, causative agents of nosocomial infections”

2009: Elena N. Ilina DSc in Biochemistry, Doctoral thesis “Establishment of integrated genome-proteomic systems for typing and study of pathogens of bacterial and viral nature”

2008: Maxim V. Afanasiev PhD in Biochemistry, PhD thesis “Molecular typing of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis”

2006: Vladimir A. Vereschagin PhD in Biochemistry and Molecular Biology, PhD thesis “Molecular typing of clinical isolates of Neisseria gonorrhoeae”

Scientific Collaboration

Our Lab has joint research projects with the following organizations:

• Research Center Borstel, Borstel, Germany
• Research Center of Biotechnology RAS, Moscow
• State Research Center For Applied Biotechnology And Microbiology, Obolensk, Russia
• Winogradsky Institute of Microbiology, Federal Research Center “Fundamentals of
• Biotechnology”, Russian Academy of Sciences, Moscow
• Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Moscow
• Central Research Institute of Tuberculosis, Moscow
• Gamaleya Federal Research Center of Epidemiology and Microbiology, Moscow
• Research Center for Obstetrics, Gynecology and Perinatology, Russian Ministry of Healthcare, Moscow
• Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Petersburg
• Petersburg Research Institute for Phthisiopulmonology, St. Petersburg
• Research Institute of Antimicrobial Chemotherapy, Smolensk
• Novosibirsk TB Research Institute, Novosibirsk
• Ural Research Institute for Phthisiopulmonology, Yekaterinbur
• Institute of Molecular Genetics Russian Academy of Sciences, Moscow

Publications

1. Kuptsov, N., Kornienko, M., Bespiatykh, D., Gorodnichev, R., Klimina, K., Veselovsky, V., Shitikov, E. Global Transcriptomic Response of Staphylococcus aureus to Virulent Bacteriophage Infection. Viruses 2022, 14, 567. https://doi.org/10.3390/v14030567
2. Shitikov E., Bespiatykh D., Malakhova M., Bespyatykh J., Bodoev I., Vedekhina T., Zaychikova M., Veselovsky V., Klimina K., Ilina E., Varizhuk A. Genome-wide transcriptional response of Mycobacterium smegmatis MC 2 155 to G-quadruplex ligands BRACO-19 and TMPyP4. Frontiers in Microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.817024
3. Baranova M. N., Kudzhaev A. M., Mokrushina Y. A., Babenko V. V., Kornienko M. A., Malakhova M. V., Yudin V. G., Rubtsova M. P., Zalevsky A., Belozerova O. A., Kovalchuk S. Deep Functional Profiling of Wild Animal Microbiomes Reveals Probiotic Bacillus pumilus Strains with a Common Biosynthetic Fingerprint. International Journal of Molecular Sciences. 2022, Jan;23(3):1168. https://doi.org/10.3390/ijms2303116
4. Bespyatykh J., Arapidi G., Shitikov E. Proteogenomic Approach for Mycobacterium tuberculosis Investigation. InShotgun Proteomics 2021 (pp. 191-201). Humana, New York, NY.
5. Смирнов Г. Б. На заре радиационной генетики. Радиационная биология. Радиоэкология. 2021, 61(2):206-13.
6. Корниенко М. А., Купцов Н. С., Данилов Д. И., Городничев Р. Б., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa — потенциальных агентов для фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021; 23(3): 16-23. doi: 10.47183/mes.2021.027
7. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):90-7. doi: 10.47183/mes.2021.035
8. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Ефимов А. Д., Богдан В. И., Летаров А. В., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Сравнение методов очистки фаговых лизатов грамотрицательных бактерий для персонализированной терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):30-7. doi: 10.47183/mes.2021.029
9. Gorodnichev R. B., Volozhantsev N. V., Krasilnikova V. M., Bodoev I. N., Kornienko M. A., Kuptsov N. S., Popova A. V., Makarenko G. I., Manolov A. I., Slukin P. V., Bespiatykh D. A. Novel Klebsiella pneumoniae K23-Specific Bacteriophages From Different Families: Similarity of Depolymerases and Their Therapeutic Potential. Frontiers in microbiology. 2021;12. doi: 10.3389/fmicb.2021.669618
10. Evdokimova S. A., Nokhaeva V. S., Karetkin B. A., Guseva E. V., Khabibulina N. V., Kornienko M. A., Grosheva V. D., Menshutina N. V., Shakir I. V., Panfilov V. I. A Study on the Synbiotic Composition of A Study on the Synbiotic Composition of Bifidobacterium bifidum and Fructans from Arctium lappa Roots and Helianthus tuberosus Tubers against Staphylococcus aureus. Microorganisms. 2021 May;9(5):930. https://doi.org/10.3390/microorganisms9050930
11. Bodoev I., Malakhova M., Bespyatykh J., Bespiatykh D., Arapidi G., Pobeguts O., Zgoda V., Shitikov E., Ilina E. Substitutions in SurA and BamA Lead to Reduced Susceptibility to Broad Range Antibiotics in Gonococci. Genes (Basel). 2021, 25;12(9):1312. doi: 10.3390/genes12091312.
12. Bespiatykh D., Bespyatykh J., Mokrousov I., Shitikov E. A Comprehensive Map of Mycobacterium tuberculosis Complex Regions of Difference. mSphere. 2021, 25;6(4):e0053521. doi: 10.1128/mSphere.00535-21
13. Vatlin A. A., Shitikov E. A., Shahbaaz M., Bespiatykh D. A., Klimina K. M., Christoffels A., Danilenko V. N. and Maslov D. A. Transcriptomic Profile of Mycobacterium smegmatis in Response to an Imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine Reveals Its Possible Impact on Iron Metabolism. Front. Microbiol. 2021 12:724042. doi: 10.3389/fmicb.2021.72404
14. Acosta F., Norman A., Sambrano D., Batista V., Mokrousov I., Shitikov E., Jurado J., Mayrena M., Luque O., Garay M., Solis L. Probable long‐term prevalence for a predominant Mycobacterium tuberculosis clone of a Beijing genotype in Colon, Panama. Transboundary and Emerging Diseases. 2021 Jul;68(4):2229-38 doi: 10.1111/tbed.13875
15. Fursov M. V., Shitikov E. A., Lagutkin D. A., Fursova A. D., Ganina E. A., Kombarova T. I., Grishenko N. S., Rudnitskaya T. I., Bespiatykh D. A., Kolupaeva N. V., Firstova V. V., Domotenko L. V., Panova A. E., Vinokurov A. S., Gushchin V. A., Tkachuk A. P., Vasilyeva I. A., Potapov V. D., Dyatlov I. A. MDR and Pre-XDR Clinical Mycobacterium tuberculosis Beijing Strains: Assessment of Virulence and Host Cytokine Response in Mice Infectious Mode. Microorganisms. 2021 Aug 23;9(8):1792. doi: 10.3390/microorganisms9081792.
16. Bespyatykh J., Shitikov E., Guliaev A., Smolyakov A., Klimina K., Veselovsky V., Malakhova M., Arapidi G., Dogonadze M., Manicheva O., Bespiatykh D., Mokrousov I., Zhuravlev V., Ilina E., Govorun V. System OMICs analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Sci Rep. 2019 Dec 17;9(1):19255. doi: 10.1038/s41598-019-55896-z. Erratum in: Sci Rep. 2020 Mar 6;10(1):4511.
17. Terekhov S. S., Nazarov A. S., Mokrushina Y. A., Baranova M. N., Potapova N. A., Malakhova M. V., Ilina E. N., Smirnov I. V., Gabibov A. G. Deep Functional Profiling Facilitates the Evaluation of the Antibacterial Potential of the Antibiotic Amicoumacin. Antibiotics. 2020 Apr;9(4):157. https://doi.org/10.3390/antibiotics9040157
18. Bespyatykh J., Bespiatykh D., Malakhova M., Klimina K., Bespyatykh A., Varizhuk A., Tevyashova A., Nikolenko T., Pozmogova G., Ilina E., Shitikov E. Aureolic Acid Group of Agents as Potential Antituberculosis Drugs. Antibiotics. 2020 Oct;9(10):715. doi:10.3390/antibiotics9100715
19. Grafskaia E., Pavlova E., Babenko V. V., Latsis I., Malakhova M., Lavrenova V., Bashkirov P., Belousov D., Klinov D., Lazarev V. The Hirudo Medicinalis Microbiome Is a Source of New Antimicrobial Peptides. International journal of molecular sciences. 2020, 21(19):7141. https://doi.org/10.3390/ijms21197141
20. Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. Metabolic Changes of Mycobacterium tuberculosis during the Anti-Tuberculosis Therapy. Pathogens. 2020, 9(2):131. doi: 10.3390/pathogens9020131
21. Fursov M. V., Shitikov E. A., Bespyatykh J. A., Bogun A. G., Kislichkina A. A., Kombarova T. I., Rudnitskaya T. I., Grishenko N. S., Ganina E. A., Domotenko L. V., Fursova N. K. Genotyping, assessment of virulence and antibacterial resistance of the Rostov strain of Mycobacterium tuberculosis attributed to the Central Asia outbreak clade. Pathogens. 2020, 9(5):335. doi: 10.3390/pathogens9050335
22. Tsvetkov V. B., Varizhuk A. M., Lizunova S. A., Nikolenko T. A., Ivanov I. A., Severov V. V., Belyaev E. S., Shitikov E. A., Pozmogova G. E., Aralov A. V. Phenoxazine-based scaffold for designing G4-interacting agents. Organic & Biomolecular Chemistry. 2020;18(31):6147-54. https://doi.org/10.1039/D0OB00983K
23. Bespyatykh J., Bespiatykh D., Malakhova M., Klimina K., Bespyatykh A., Varizhuk A., Tevyashova A., Nikolenko T., Pozmogova G., Ilina E., Shitikov E. Aureolic Acid Group of Agents as Potential Antituberculosis Drugs. Antibiotics. 2020 Oct;9(10):715. https://doi.org/10.3390/antibiotics9100715
24. Kornienko M., Fisunov G., Bespiatykh D., Kuptsov N., Gorodnichev R., Klimina K., Kulikov E., Ilina E., Letarov A., Shitikov, E. Transcriptional Landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus Bacteriophage vB_SauM-515A1. Viruses 2020, 12(11):1320. doi: 10.3390/v12111320
25. Kornienko M., Kuptsov N., Gorodnichev R., Bespiatykh D., Guliaev A., Letarova M., Kulikov E., Veselovsky V., Malakhova M., Letarov A., Ilina E. Contribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails. Scientific reports. 2020 Oct 29;10(1):1-1. https://doi.org/10.1038/s41598-020-75637-x
26. Купцов Н. С., Корниенко М. А., Городничев Р. Б., Данилов Д. И., Парфенова Т. В., Макаренко Г. И., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Эффективность препаратов бактериофагов против патогенов группы ESKAPE. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2020(3):19-26. doi: 10.24075/vrgmu.2020.029
27. Shitikov E., Guliaev A., Bespyatykh J., Malakhova M., Kolchenko S., Smirnov G., Merker M., Niemann S., Mokrousov I., Ilina E., Govorun V. The role of IS6110 in micro- and macroevolution of Mycobacterium tuberculosis lineage 2. Molecular phylogenetics and evolution. 2019, 1;139:106559. doi: 10.1016/j.ympev.2019.106559
28. Olekhnovich E. I., Manolov A. I., Samoilov A. E., Prianichnikov N. A., Malakhova M. V., Tyakht A. V., Pavlenko A. V., Babenko V. V., Larin A. K., Kovarsky B. A., Starikova E. V. Shifts in the human gut microbiota structure caused by quadruple Helicobacter pylori eradication therapy. Frontiers in microbiology. 2019:1902. doi: 10.3389/fmicb.2019.01902
29. Беспятых Ю. А., Виноградова Т. И., Маничева О. А., Заболотных Н. В., Догонадзе М. З., Витовская М. Л., Гуляев А. С., Журавлев В. Ю., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Вирулентность Mycobacterium tuberculosis генотипа Beijing в условиях in vivo. Инфекция и иммунитет. 2019, 9(1):177-86. https://doi.org/10.15789/2220-7619-2019-1-173-182
30. Смирнов Г. Б., Бодоев И. Н., Макарова А. П., Бутусова Т. Б., Веселовский В. А., Гуляев А. C., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Сравнительная геномика штаммов Escherichia coli АВ1157, АВ2463, АВ2494 и АВ1885. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2019, 37(3):134-9. doi: 10.17116/molgen201937031134
31. Shitikov E., Vyazovaya A., Malakhova M., Guliaev A., Bespyatykh J., Proshina E., Pasechnik O., Mokrousov I. Simple assay for detection of the Central Asia outbreak clade of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype. Journal of clinical microbiology. 2019, 57(7): e00215-19. https://doi.org/10.1128/JCM.00215-19
32. Bespyatykh J., Smolyakov A., Guliaev A., Shitikov E., Arapidi G., Butenko I., Dogonadze M., Manicheva O., Ilina E., Zgoda V., Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. Journal of proteomics. 2019, 10;192:18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002
33. Отрашевская Е. В., Винокурова В. Н., Шитиков Е. А., Сотникова Е. А., Перевышина Т. А., Колченко С. А., Бутусова Т. Б., Кострюкова Е. С., Ильина Е. Н., Игнатьев Г. М. Изучение генетической стабильности суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia) в процессе производства вакцины БЦЖ. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018, 2:58-67 https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-2-58-67
34. Полонская А. В., Корниенко М. А., Манолов А. И., Купцов Н.С., Смирнов Г.Б., Любасовская Л.А., Припутневич Т.В., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н. Вариабельность генов рекомбиназ и mecA стафилококковой хромосомной кассеты Staphylococcus haemolyticus. Антибиотики и Химиотерапия 2018. №63(7-8):33-40.
35. Корниенко М. А., Купцов Н. С., Городничев Р. Б., Малахова М. В., Любасовская Л. А., Гордеев А. Б., Никитина И. В., Смирнов Г. Б., Шитиков Е. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н. Особенности коагулазоотрицательных стафилококков, выделенных из центральных венозных катетеров новорожденных детей ОРИТ: формирование биопленок и популяционная структура по данным мультилокусного секвенирования. Акушерство и гинекология. 2018, (5):86-94. https://dx.doi.org/10.18565/aig.2018.5.86-94
36. Prianichnikov N. A., Malakhova M. V., Babenko V. V., Larin A. K., Olekhnovich E. I., Starikova E. V., Chuvelev D. I., Glushchenko O. E., Samoilov A. E., Manolov A. I., Kovarsky B. A., Tyakht A. V., Pavlenko A. V., Ilina E. N., Kostryukova E. S. Draft genomes of Enterococcus faecium strains isolated from human feces before and after eradication therapy against Helicobacter pylori. Data Brief. 2017, 27;(16):511-514. doi: 10.1016/j.dib.2017.11.069.
37. Terekhov S. S., Smirnov I. V., Malakhova M. V., Samoilov A. E., Manolov A. I., Nazarov A. S., Danilov D. V., Dubiley S. A., Osterman I. A., Rubtsova M. P., Kostryukova E. S., Ziganshin R. H., Kornienko M. A., Vanyushkina A. A., Bukato O. N., Ilina E. N., Vlasov V. V., Severinov K. V., Gabibov A. G., Altman S. Ultrahigh-throughput functional profiling of microbiota communities. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018, 18;115(38):9551-9556. doi: 10.1073/pnas.1811250115
38. Беспятых Ю. А., Маничева О. А., Смоляков А. В., Догонадзе М. З., Журавлев В. Ю., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Влияние условий культивирования на протеомный профиль Mycobacterium tuberculosis H37RV. Биомедицинская химия. 2017 Jul 1;63(4):334-40. doi: 10.18097/PBMC20176304334
39. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, Bespyatykh J, Ischenko D, Ilina E, Govorun V. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Scientific reports. 2017, 23;7(1):1-0. https://doi.org/10.1038/s41598-017-10018-5
40. Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Протеомные подходы в изучении микобактерий. Acta Naturae. 2017;9(1):16-26. Английская версия: Bespyatykh J. A., Shitikov E. A., Ilina E. N. Proteomics for the Investigation of Mycobacteria. Acta Naturae. 2017, 9(1):15-25
41. Mokrousov I, Shitikov E, Skiba Y, Kolchenko S, Chernyaeva E, Vyazovaya A. Emerging peak on the phylogeographic landscape of Mycobacterium tuberculosis in West Asia: Definitely smoke, likely fire. Mol Phylogenet Evol. 2017, 116:202-212 https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.09.002
42. Terekhov, S.S., Smirnov, I.V., Stepanova, A.V., Bobik, T.V., Mokrushina, Y.A., Ponomarenko, N.A., Belogurov, A.A. Jr, Rubtsova, M.P., Kartseva, O.V., Gomzikova, M.O., Moskovtsev, A.A., Bukatin, A.S., Dubina, M.V., Kostryukova, E.S., Babenko, V.V., Vakhitova, M.T., Manolov, A.I., Malakhova, M.V., Kornienko, M.A., Tyakht, A.V., Vanyushkina, A.A., Ilina, E.N., Masson, P., Gabibov, A.G., Altman, S. Microfluidic droplet platform for ultrahigh-throughput single-cell screening of biodiversity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017, 114(10):2550-2555 https://doi.org/10.1073/pnas.1621226114
43. Rakitina D. V., Manolov A. I., Kanygina A. V., Garushyants S. K., Baikova J. P., Alexeev D. G., Ladygina V. G., Kostryukova E. S., Larin A. K., Semashko T. A., Karpova I. Y. Genome analysis of E. coli isolated from Crohn’s disease patients. BMC genomics. 2017, 18(1):1-7. doi: 10.1186/s12864-017-3917-x
44. Городничев Р. Б., Ракитина Д. В., Манолов А. И., Байкова Ю. П., Щербаков П. Л., Смирнов Г. Б., Ильина Е. Н. Характеристика клинических изолятов Escherichia coli, выделенных от пациентов с болезнью Крона. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017, 6. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-6-42-49
45. Kornienko M., Ilina E., Lubasovskaya L., Priputnevich T., Falova O., Sukhikh G., Govorun V. Analysis of nosocomial Staphylococcus haemolyticus by MLST and MALDI-TOF mass spectrometry. Infection, Genetics and Evolution. 2016, 1(39):99-105. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2015.12.015
46. Корниенко М. А., Копыльцов В. Н., Шевлягина Н. В., Диденко Л. В., Любасовская Л. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н. Способность стафилококков различных видов к образованию биопленок и их воздействие на клетки человека. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016;34(1).
47. Bespyatykh J., Shitikov E., Butenko I., Altukhov I., Alexeev D., Mokrousov I., Dogonadze M., Zhuravlev V., Yablonsky P., Ilina E., Govorun V. Proteome analysis of the Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Scientific reports. 2016, 30;6(1):1-1. https://doi.org/10.1038/srep28985
48. Sotnikova E. A., Shitikov E. A., Malakhova M. V., Kostryukova E. S., Ilina E. N., Atrasheuskaya A. V., Ignatyev G. M., Vinokurova N. V., Gorbachyov V. Y. Complete genome sequence of Mycobacterium bovis strain BCG-1 (Russia). Genome announcements. 2016, 31;4(2): e00182-16. doi: 10.1128/genomeA.00182-16
49. Ischenko D., Alexeev D., Shitikov E., Kanygina A., Malakhova M., Kostryukova E., Larin A., Kovalchuk S., Pobeguts O., Butenko I., Anikanov N. Large scale analysis of amino acid substitutions in bacterial proteomics. BMC bioinformatics. 2016, 17(1):1-0. doi: 10.1186/s12859-016-1301-5
50. Бодоев И. Н., Ильина Е. Н. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ФОРМИРОВАНИЯ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ NEISSERIA GONORRHOEAE: ИСТОРИЯ И ВЗГЛЯД В БУДУЩЕЕ. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015, 33(3):22-27.
51. Чаплин А. В., Бржозовский А. Г., Парфёнова Т. В., Кафарская Л. И., Володин Н. Н., Шкопоров А. Н., Ильина Е. Н., Ефимов Б. А. ИЗУЧЕНИЕ ВИДОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ БАКТЕРИЙ РОДА BIFIDOBACTERIUM КИШЕЧНОЙ МИКРОФЛОРЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ. Вестник Российской академии медицинских наук. 2015. № 4 (70):435-440. doi: 10.15690/vramn.v70.i4.1409
52. Ikryannikova L. N., Ischenko D. S., Lominadze G. G., Kanygina A. V., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Mayansky N. A., Skvortsov V. S., Ilina E. N., Govorun V. M. The mystery of the fourth clone: comparative genomic analysis of four non-typeable Streptococcus pneumoniae strains with different susceptibilities to optochin. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2016, 35(1):119-30. DOI https://doi.org/10.1007/s10096-015-2516-5
53. Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Антонова О. В., Суржиков С. А, Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н., Михайлович В. М., Заседателев А. С., Грядунов Д. А. Анализ генетических детерминант множественной и широкой лекарственной устойчивости возбудителя туберкулеза с использованием олигонуклеотидного микрочипа. Молекулярная биология. 2014, 48(2):251.
54. Bespyatykh J. A., Zimenkov D. V., Shitikov E. A., Kulagina E. V., Lapa S. A., Gryadunov D. A., Ilina E. N., Govorun V. M. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates using hydrogel oligonucleotide microarrays. Infection, genetics and evolution. 2014, 1;26:41-6. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.04.024
55. Shitikov E. A., Bespyatykh J. A., Ischenko D. S., Alexeev D. G., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Isaeva Y. D., Nosova E. Y., Mokrousov I. V., Vyazovaya A. A., Narvskaya O. V. Unusual large-scale chromosomal rearrangements in Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster isolates. PloS one. 2014, 8;9(1):e84971. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0084971
56. Chernyaeva E. N., Shulgina M. V., Rotkevich M. S., Dobrynin P. V., Simonov S. A., Shitikov E. A., Ischenko D. S., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Ilina E. N., Govorun V. M. Genome-wide Mycobacterium tuberculosis variation (GMTV) database: a new tool for integrating sequence variations and epidemiology. BMC genomics. 2014, 15(1):1-8. https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-308
57. Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Грядунов Д. А., Носова Е. Ю, Букатина А. А., Шульгина М. В., Журавлев В. Ю., Ильина Е. Н. Определение лекарственной устойчивости и генотипирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis при помощи экспериментального набора" ТБ-ТЕСТ". Пульмонология. 2013, 28(4):77-81.
58. Ilina E. N., Shitikov E. A., Ikryannikova L. N., Alekseev D. G., Kamashev D. E., Malakhova M. V., Parfenova T. V., Afanasev M. V., Ischenko D. S., Bazaleev N. A., Smirnova T. G. Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis drug resistant strains from Russia. PloS one. 2013, Feb 20;8(2):e56577. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056577
59. Агеевец В. А., Партина И. В., Лисицына Е. С., Батыршин И. М., Попенко Л. Н., Шляпников С. А., Ильина Е. Н., Сидоренко С. В. Чувствительность грамотрицательных бактерий, продуцентов карбапенемаз, к антибиотикам различныгх групп. Антибиотики и химиотерапия. 2013, 58(3-4):10-3.
60. Ilina E. N., Malakhova M. V., Bodoev I. N., Oparina N. Y., Filimonova A. V., Govorun V. M. Mutation in ribosomal protein S5 leads to spectinomycin resistance in Neisseria gonorrhoeae. Frontiers in microbiology. 2013, 4:186. doi: 10.3389/fmicb.2013.00186.
61. Любасовская Л. А., Корниенко М. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н., Щеголев А. И. Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика коагулазонегативных стафилококков, выделенных у новорождённых отделения реанимации и интенсивной терапии. Антибиотики и химиотерапия. 2013, 58(3-4):25-32.
62. Ikryannikova L. N., Filimonova A. V., Malakhova M. V., Savinova T, Filimonova O., Ilina E. N., Dubovickaya V. A., Sidorenko S. V., Govorun V. M. Discrimination between S. pneumoniae and S. mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin Microbiol Infect. 2013, 19(11):1066-71. doi: 10.1111/1469-0691
63. Kushnir A. V., Ilina E. N., Malakhova M. V., Priputnevich T. V., Filipenko M. L. Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia. Infect Genet Evol. 2012, 14:8-14. doi: 10.1016/j.meegid.2012.11.020
64. Корниенко М. А., Ильина Е. Н., Боровская А. Д., Эдельштейн M. В., Сухорукова M. В., Кострцева М., Говорун В. М. Штаммовая классификация staphylococcus aureus посредством прямого масс-спектрометрического профилирования. Биомедицинская химия. 2012, 58 (5): С.501-513. doi: 10.18097/pbmc20125805501
65. Shitikov E., Ilina E., Chernousova L., Borovskaya A., Rukin I., Afanasev M., Smirnova T., Vorobyeva A., Larionova E., Andreevskaya S., Kostrzewa M., Govorun V. Mass spectrometry based methods for the discrimination and typing of mycobacteria. Infect Genet Evol. 2012, 12(4):838-45. doi: 10.1016/j.meegid.2011.12.013.
66. Shevchenko O. V., Mudrak D. Y., Skleenova E. Y., Kozyreva V. K., Ilina E. N., Ikryannikova L. N., Alexandrova I. A., Sidorenko S. V., Edelstein M. V. First detection of VIM-4 metallo-β-lactamase-producing Escherichia coli in Russia. Clin Microbiol Infect. 2012, 18(7): E214-7. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03827.x.