Ильина Елена Николаевна

Ильина Елена Николаевна

д.б.н., профессор РАН, профессор по специальности молекулярная биология

Заместитель Генерального директора по научной работе,
Руководитель отдела молекулярной биологии и генетики

 

Персональные данные
Родилась 20 января 1968 года, в Москве, СССР (ныне Россия)

В 1991 году окончила 2-ой Московский Ордена Ленина Государственный Медицинский Институт им. Н. И. Пирогова, (ныне Российский Государственный Медицинский Университет), Медико-биологический факультет, отделение биохимии, по специальности диплома «врач-биохимик»

В 1998 году защитила диссертацию на соискание степени кандидата биологических наук по специальности «молекулярная биология» на тему “Создание бактериального продуцента антигенной детерминанты панкреатической холестеролэстеразы человека и разработка на его основе иммуноферментного анализа для определения аутоантител».

В 2004 году утверждена в должности заведующего лабораторией молекулярной генетики микроорганизмов НИИ ФХМ

В 2006 году присуждено звание доцента по специальности «молекулярная биология».

В 2009 году защитила диссертацию на соискание степени доктора биологических наук по специальности «биохимия» на тему «Создание интегрированной геномно-протеомной системы для типирования и изучения патогенов бактериальной и вирусной природы».

В 2015 году назначена на должность заместителя генерального директора по научной работе.

Область научных интересов

Область научных интересов

Молекулярно-генетические основы формирования резистентности и патогенности клинически-значимых микроорганизмов, из которых сейчас объектами выбора являются возбудители туберкулеза, гонореи, пневмонии, сепсиса

  • Исследование закономерностей распространения и изменчивости микробных популяций, микроэволюционные тренды легочных патогенов
  • Изучение молекулярных механизмов формирования лекарственной устойчивости в микробных популяциях, с акцентом на неканонические механизмы резистентности
    Разработка новых диагностических решений для идентификации и характеристики клинически-значимыми микроорганизмов
  • Накопление и анализ белковых профилей бактериальных патогенов
  • Сравнительная геномика бактериальных возбудителей
  • Биоинформационные подходы к анализу геномной информации бактерий

Основные достижения

Основные достижения

Научилась поддерживать работоспособность коллектива лаборатории на фоне разрушающего воздействия внешних и внутренних сил

Избранные публикации

Избранные публикации (любимые)

  1. Bespyatykh J., Shitikov E., Butenko I., Altukhov I., Alexeev D., Mokrousov I., Dogonadze M., Zhuravlev V., Yablonsky P., Ilina E., Govorun V. Proteome analysis of the Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Scientific Report. 2016. 6, 28985; doi: 10.1038/srep28985. (http://www.nature.com/articles/srep28985)
  2. Kornienko М., Ilina E., Lubasovskaya L., Priputnevich T., Falova O., Sukchikch G., Govorun V. Analysis of nosocomial Staphylococcus haemolyticus by MLST and MALDI-TOF Mass Spectrometry. Infection, Genetics and Evolution, (2016), pp. 99-105.
  3. Корниенко М.А., Копыльцов В.Н., Шевлягина Н.В., Диденко Л.В., Любасовская Л.А., Припутневич Т.В., Ильина Е.Н. Способность стафилококков различных видов к образованию биопленок и их воздействие на клетки человека. Молекулярная генетика микробиология и вирусология, № 1 2016.
  4. Sotnikova EA, Shitikov EA, Malakhova MV, Kostryukova ES, Ilina EN, Atrasheuskaya AV, Ignatyev GM, Vinokurova NV, Gorbachyov VY. Complete Genome Sequence of Mycobacterium bovis Strain BCG-1 (Russia) Genome Announc. 2016 Mar 31;4(2). pii: e00182-16. doi: 10.1128/genomeA.00182-16 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4816620/)
  5. Бодоев И.Н., Ильина Е.Н. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ФОРМИРОВАНИЯ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ NEISSERIA GONORRHOEAE: ИСТОРИЯ И ВЗГЛЯД В БУДУЩЕЕ Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015. Т. 33. № 3. С. 22-27.
  6. Чаплин А.В., Бржозовский А.Г., Парфёнова Т.В., Кафарская Л.И., Володин Н.Н., Шкопоров А.Н., Ильина Е.Н., Ефимов Б.А. ИЗУЧЕНИЕ ВИДОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ БАКТЕРИЙ РОДА BIFIDOBACTERIUM КИШЕЧНОЙ МИКРОФЛОРЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ Вестник Российской академии медицинских наук. 2015. № 4 (70). С. 435-440.
  7. Ikryannikova L.N., Ischenko D.S., Kanygina A.V., Karpova I.Y., Kostryukova E.S., Ilina E.N., Govorun V.M., Lominadze G.G., Mayansky N.A., Skvortsov V.S. THE MYSTERY OF THE FOURTH CLONE: COMPARATIVE GENOMIC ANALYSIS OF FOUR NON-TYPEABLE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE STRAINS WITH DIFFERENT SUSCEPTIBILITIES TO OPTOCHIN European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2015.
  8. Chernyaeva E.N., Rotkevich M.S., Dobrynin P.V., Simonov S.A., Lapidus A.L., O'Brien S.J., Shulgina M.V., Zhuravlev V.Y., Manicheva O.A., Yablonsky P.K., Shitikov E.A., Ischenko D.S., Karpova I.Y., Kostryukova E.S., Ilina E.N., Govorun V.M., Isaeva Y.D., Nosova E.Y., Mokrousov I.V., Vyazovaya A.A. et al. GENOME-WIDE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS VARIATION (GMTV) DATABASE: A NEW TOOL FOR INTEGRATING SEQUENCE VARIATIONS AND EPIDEMIOLOGY BMC Genomics. 2014. Т. 15. № 1. С. 308 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4234438/)
  9. Bespyatykh J. A., Shitikov E. A., Ilina E. N., Govorun V. M., Zimenkov D. V., Kulagina E. V., Lapa S. A., Gryadunov D. A. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates using hydrogel oligonucleotide microarrays. Infection, Genetics and Evolution. 2014. Т. 26. С. 41-46 ()
  10. Shitikov E. A., Bespyatykh J. A., Ischenko D. S., Alexeev D. G., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Isaeva Y. D., Nosova E. Y., Mokrousov I. V., Vyazovaya A. A., Narvskaya O. V., Vishnevsky B. I., Otten T. F., Zhuravlev V. Y.,Yablonsky P. K., Govorun V. M Unusual Large-Scale Chromosomal Rearrangements in Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 Cluster Isolates. PLOS ONE, 2014, 9 (1), e84971 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3885621/ )
  11. Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Антонова О. В., Суржиков С. А., Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н., Михайлович В. М., Заседателев А. С., Грядунов Д. А. Анализ генетических детерминант множественной и широкой лекарственной устойчивости возбудителя туберкулеза с использованием олигонуклеотидного микрочипа // Молекулярная биология. 2014. Т. 48. № 2. С. 251-264 (http://naukarus.com/analiz-geneticheskih-determinant-mnozhestvennoy-i-shirokoy-lekarstvennoy-ustoychivosti-vozbuditelya-tuberkuleza-s-ispolzo)
  12. Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Грядунов Д. А., Носова Е. Ю., Букатина А. А., Шульгина М. В., Журавлев В. Ю., Ильина Е. Н. Определение лекарственной устойчивости и генотипирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis экспериментальным набором «ТБ-ТЕСТ» Пульмонология, 2013.-N 4.-С.77-81 (http://www.fesmu.ru/elib/Article.aspx?id=287903)
  13. Агеевец В.А., Партина И.В., Лисицына Е.С., Батыршин И.М., Попенко Л.Н., Шляпников С.А., Ильина Е.Н., Сидоренко С.В. Чувствительность грамотрицательных бактерий, продуцентов карбапенемаз, к антибиотикам различных групп. Антибиотики и химиотерапия, 2013.-N 3.-С.10-13.  (http://www.fesmu.ru/elib/Article.aspx?id=281435)
  14. Ilina EN, Malakhova MV, Bodoev IN, Oparina NY, Filimonova AV, Govorun VM. Mutation in ribosomal protein S5 leads to spectinomycin resistance in Neisseria gonorrhoeae. Frontiers in microbiology. 01/2013; 4:186. doi: 10.3389/fmicb.2013.00186.
  15. Любасовская Л.А., Корниенко М.А., Припутневич Т.В., Ильина Е.Н., Щеголев А.И. Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика коагулазонегативных стафилококков, выделенных у новорожденных отделения реанимации и интенсивной терапии. «Антибиотики и химиотерапия», 2013, 58; 3-4, 26 – 33
  16. Ilina EN, Shitikov EA, Ikryannikova LN, Alekseev DG, Kamashev DE, Malakhova MV, Parfenova TV, Afanas'ev MV, Ischenko DS, Bazaleev NA, Smirnova TG, Larionova EE, Chernousova LN, Beletsky AV, Mardanov AV, Ravin NV, Skryabin KG, Govorun VM. Comparative Genomic Analysis of Mycobacterium tuberculosis Drug Resistant Strains from Russia. PLoS ONE, 2013, 8(2): e56577. doi:10.1371/journal.pone.0056577
  17. Ikryannikova LN, Filimonova AV, Malakhova MV, Savinova T, Filimonova O, Ilina EN, Dubovickaya VA, Sidorenko SV, Govorun VM. Discrimination between S. pneumoniae and S. mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin Microbiol Infect. 2013 Nov; 19(11):1066-71. doi: 10.1111/1469-0691
  18. Kushnir AV, Ilina EN, Malakhova MV, Priputnevich TV, Filipenko ML. Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia. Infect Genet Evol. 2012 Dec 19; 14C:8. doi: Infect Genet Evol. 2013 Mar; 14:8-14. doi: 10.1016/j.meegid.2012.11.020
  19. Корниенко М.А., Ильина Е.Н., Боровская А.Д., Эдельштейн M.В., Сухорукова M.В., Кострцева М., Говорун В.М. Прямое бактериальное профилирование посредством MALDI масс-спектрометрии как метод быстрой классификации штаммов Staphylococcus aureus. Биомедицинская химия, 2012. Т. 58 N 5.-С.501-513.
  20. Shitikov E1, Ilina E, Chernousova L, Borovskaya A, Rukin I, Afanas'ev M, Smirnova T, Vorobyeva A, Larionova E, Andreevskaya S, Kostrzewa M, Govorun V. Mass spectrometry based methods for the discrimination and typing of mycobacteria. Infect Genet Evol. 2012 Jun; 12(4):838-45. doi: 10.1016/j.meegid.2011.12.013.
  21. Shevchenko OV, Mudrak DY, Skleenova EY, Kozyreva VK, Ilina EN, Ikryannikova LN, Alexandrova IA, Sidorenko SV, Edelstein MV. First detection of VIM-4 metallo-β-lactamase-producing Escherichia coli in Russia. Clin Microbiol Infect. 2012 Jul; 18(7):E214-7. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03827.x. Epub 2012 Apr 4.
  22. E. Shitikov, E. Ilina, A. Borovskaya, I. Rukin, M. Afanas’ev, L. Chernousova, T. Smirnova, A. Vorobyeva, E. Larionova, S. Andreevskaya, M. Kostrzewa, V. Govorun. Mass spectrometry based methods for the discrimination and typing of mycobacteria. Infection, Genetics and Evolution. Available online 30 December 2011.
  23. Ikryannikova LN, Lapin KN, Malakhova MV, Filimonova AV, Ilina EN, Dubovickaya VA, Sidorenko SV, Govorun VM. Misidentification of alpha-hemolytic streptococci by routine tests in clinical practice. Infect Genet Evol. 2011 Oct;11(7):1709-15.
  24. Afanas’ev MV., Ikryannikova LN., Il’ina EN., Kuz’min AV., Larionova EE., Smirnova TG., Chernousova LN. and Govorun VM. Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis circulated in Moscow, Russian Federation. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2011 Feb; 30(2):181-91
  25. Боровская А. Д., Ильина Е. Н., Савинова Т. А., Сидоренко С. В., Грудинина С. А., Говорун В. М. Дифференцировка α-гемолитических стрептококков прямым массспектрометрическим профилированием. Биоорганическая Химия, 2011, том 37, № 1, с. 61–69
  26. Ilina EN, Borovskaya AD, Serebryakova MV, Chelysheva VV, Momynaliev KT, Maier T, Kostrzewa M, Govorun VM. Application of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry for the study of Helicobacter pylori. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010 Feb;24(3):328-34.
  27. Афанасьев М.В., Каракашев С.В., Ильина Е.Н., Салем А.-С.-А.-М. , Сидоренко С.В. и Говорун В.М. Молекулярно-генетическая характеристика метициллин-устойчивых штаммов Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах г. Москвы. Журнал «Молекулярная генетика, микробиология и вирусология» 2010, № 2, стр.20-24
  28. Ikryannikova LN., Shkarupeta MM., Shitikov EA., Il’ina EN., Govorun VM. Comparative evaluation of new typing schemes for urogenital Chlamydia trachomatis isolates. FEMS Immunol Med Microbiol. 2010, Jul 1;59(2):188-96.
  29. Савинова Т.А., Ильина Е.Н., Сидоренко С.В. Масс-спектрометрический анализ генетических маркеров резистентности S. pneumoniae к бета-лактамным антибиотикам. Журнал «Молекулярная генетика, микробиология и вирусология» 2010, № 3, c. 16-25
  30. Elena N. Ilina, Nina Yu. Oparina, Egor A. Shitikov, Alexandra D. Borovskaya, and Vadim M. Govorun. Molecular surveillance of clinical Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia. J of Clinical Microbiology, 2010 Oct;48(10):3681-9
  31. Афанасьев М.В., Боровская А.Д., Ильина Е.Н., Смирнова Т.Г., Ларионова Е.Е., Кузьмин А.В., Андреевская С.Н., Черноусова Л.Н., Говорун В.М. Выявление мутаций в 306 кодоне embB гена для молекулярно-генетической характеристики клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis. // Пробл. Тубер. Болезн. Легких. - 2009. - № 5. - C. 48 - 52.
  32. Малахова М.В., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Шутько С.А., Дудина К.Р., Знойко О.О., Климова Е.А., Ющук Н.Д. Масс-спектрометрическое генотипирование вируса гепатита В. // Бюлл. Экспер. Биол. мед. – 2009. – Т. 147. – № 2. – С. 181 - 187.
  33. Ильина Е.Н., Говорун В.М. Масс-спектрометрия нуклеиновых кислот в молекулярной медицине. // Биоорганическая химия. – 2009. – Т. 35. – №. 2. – C. 149 - 164.
  34. Владимиров Г.Н., Кононихин А.С., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Николаев Е.Н. Точное измерение масс продуктов полимеразно-цепной реакции как метод генотипирования. // Труды МФТИ. – 2009. – Т. 1. - № 1. – C. 36 – 40.
  35. Ilina EN, Borovskaya AD, Malakhova MM, Vereshchagin VA, Kubanova AA, Kruglov AN, Svistunova TS, Gazarian AO, Maier T, Kostrzewa M, Govorun VM. Direct bacterial profiling by matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry for identification of pathogenic Neisseria. // J Mol Diagn. – 2009. – V. 11 – No 1. – P. 75 - 86.
  36. Атрошкина М.Е., Ильина Е.Н., Плахова К.И., Гомберг М.А., Кубанова А.А., Говорун В.М. Разработка ДНК- биочипа для исследования микробных сообществ // Молекулярная медицина. - 2009.- № 3. - С.23 -31.
  37. Mellmann A, Bimet F, Bizet C, Borovskaya AD, Drake RR, Eigner U, Fahr AM, He Y, Ilina EN, Kostrzewa M, Maier T, Mancinelli L, Moussaoui W, Prévost G, Putignani L, Seachord CL, Tang YW, Harmsen D. High interlaboratory reproducibility of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry-based species identification of nonfermenting bacteria. J Clin Microbiol. 2009 Nov; V. 47, N. 11, P. 3732-3734.
  38. Ilina E.N., Vereshchagin V.A., Borovskaya A.D., Malakhova M.V., Sidorenko S.V., Al-Khafaji N.C., Kubanova A.A., Govorun V.M. Relation between Genetic Markers of Drug Resistance and Susceptibility Profile of Clinical Neisseria gonorrhoeae Strains. Antimicrobial Agents And Chemotherapy, June 2008, p. 2175–2182 Vol. 52, No. 6
  39. Ikryannikova LN, Shitikov EA, Zhivankova DG, Il'ina EN, Edelstein MV, Govorun VM. A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae. J Microbiol Methods. 2008 Dec;75(3):385-91.
    19. Reinert RR, Filimonova OY, Al-Lahham A, Grudinina SA, Ilina EN, Weigel LM, Sidorenko SV. Mechanisms of macrolide resistance among Streptococcus pneumoniae isolates from Russia. Antimicrob Agents Chemother. 2008 Jun;52(6):2260-2.
  40. Ющук Н.Д., Знойко О.О., Климова Е.А., Дудина К.Р., Кареткина Г.Н., Ильина Е.Н., Максимова С.Л. «Генетическая изменчивость вирусов гепатита человека и ее клиническое значение», Москва, 2007 год.
  41. Боровская А.Д., Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Припутневич Т.В., Аль-Хафаджи Н., Кубанова А.А. Анализ вклада молекулярных механизмов в формирование устойчивости гонококка к тетрациклину. Журнал «Бюллетень экспериментальной биологии и медицины», 2007, приложение 2, стр. 61 - 66.
  42. Afanas'ev MV, Ikryannikova LN, Il'ina EN, Sidorenko SV, Kuz'min AV, Larionova EE, Smirnova TG, Chernousova LN, Kamaev EY, Skorniakov SN, Kinsht VN, Cherednichenko AG, Govorun VM. Molecular characteristics of rifampicin- and isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Russian Federation. J Antimicrob Chemother. 2007; 59(6):1057-64.
  43. Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Филимонова О.Ю., Грудинина С.А., Сидоренко С.В. Применение метода MALDI-TоF масс-спектрометрии для анализа генетически детерминированной устойчивости S.pneumoniae к фторхинолонам. //Антибиот. Химиотер. – 2007.- Т. 52. – № 1 - 2. – С. 10 – 17.
  44. Мудрак Д.Е., Икрянникова Л.Н., Сидоренко С.В., Ильина Е.Н. Изучение распространенности и молекулярных механизмов антибактериальной резистентности у грамотрицательных возбудителей нозокомиальных инфекций в стационарах Москвы и Перми. // Антибиот. Химиотер. - 2007.- Т. 52. – № 7 - 8. – С. 10-16.
  45. Ильина Е.Н., Малахова М.В., Верещагин В.А., Говорун В.М., Припутневич Т.В., Кубанова А.А. «Прямая оценка параметров лекарственной устойчивости гонококка» Журнал «Бюллетень экспериментальной биологии и медицины», 2007 г., Том 144, № 8, 194-197.
  46. Ikryannikova LN, Afanas'ev MV, Akopian TA, Il'ina EN, Kuz'min AV, Larionova EE, Smirnova TG, Chernousova LN, Govorun VM. Mass-spectrometry based minisequencing method for the rapid detection of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. J Microbiol Methods. 2007; v. 70 N. 3, P. 395-405.
  47. Афанасьев М. В., Икрянникова Л. Н., Ильина Е. Н., Смирнова Т. Г., Ларионова Е. Е., Кузьмин А. В., Черноусова Л. Н., Камаев Е. Ю., Скорняков С. Н., Киншт В. Н., Чередниченко А. Г., Говорун В. М. Применение минисеквенирования с последующей MALDI-TOF масс-спектрометрией для анализа развития устойчивости к рифампицину и изониазиду штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих в Российской Федерации. Журнал «Проблемы туберкулеза и болезней легких». 2007; № 7, стр. 37-42.
  48. Плахова К.И., Гомберг М.А., Атрошкина M.E., Ильина Е.Н., Говорун В.М. Идентификация микробного состава выделений из влагалища методами генодиагностики. // Вест. Дермат. Ве-нерол. – 2007. – № 6. – C. 9 - 13.
  49. Плахова К.И., Гомберг М.А., Атрошкина М.Е., Ильина Е.Н., Говорун В.М. Роль Atopobium vaginae при рецидивировании бактериального вагиноза // Вест. Дермат. Венерол. - 2007. – № 5. – C. 10 - 13.
  50. Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Зубков М.М., Припутневич Т.В., Кисина В.И., Кубанова А.А. Анализ генетических маркеров резистентности N. gonorrhoeae к -лактамным антибиотикам. // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. – 2006. – Т. 141. – № 5. – С. 549 - 554.
  51. Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.А. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N.gonorrhoeae. // Вест. Дермат. Венерол. – 2006. – № 5. – C. 25 - 29.
  52. Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Малахова М.В., Говорун В.М., Зубков М.М., Сидоренко С.В., Кубанова А.А. Устойчивость к фторхинолонам среди Российских изолятов Neisseria gonorrhoeae. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, 2005 год, № 1, стр. 23-27.
  53. Elena N. Ilina, Maja V. Malakhova, Edward V. Generozov, Eugene N. Nikolaev,and Vadim M. Govorun. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry for Hepatitis C Virus Genotyping. Journal of Clinical Microbiology, June 2005, Vol. 43, No. 6, p. 2810–2815.
  54. В.А.Верещагин, Е.Н. Ильина, М.М. Зубков, Т.В. Припутневич, А.А. Кубанова, В.М.Говорун. Использование масс-спектрометрии MALDI-ToF для выявления в генах gyrA и parC Neisseria gonorrhoeae однонуклеотидных замен, определяющих формирование устойчивости к фторхинолонам. Молекулярная биология, 2005 год, том 39, № 6, стр. 923-932.

Контакты

Контакты

Тел. (раб): +7 (499) 245-04-71
E-mail: ilinaen@gmail.com